Comparación de tres métodos moleculares para el análisis de procariontes ambientales en el mar del canal de Yucatán, México

  • Laura Espinosa-Asuar Departamento de Ecología Evolutiva, Instituto de Ecología, Universidad Nacional Autónoma de México, AP 70-275, México 04510
  • Ana E. Escalante Departamento de Ecología de la Biodiversidad, Instituto de Ecología, Universidad Nacional Autónoma de México, AP 70-275, México 04510
  • Luisa I. Falcón Departamento de Ecología Evolutiva, Instituto de Ecología, Universidad Nacional Autónoma de México, AP 70-275, México 04510
  • Germán Bonilla-Rosso Departamento de Ecología Evolutiva, Instituto de Ecología, Universidad Nacional Autónoma de México, AP 70-275, México 04510
  • Santiago Ramírez-Barahona Departamento de Ecología Evolutiva, Instituto de Ecología, Universidad Nacional Autónoma de México, AP 70-275, México 04510
  • Luis E. Eguiarte Departamento de Ecología Evolutiva, Instituto de Ecología, Universidad Nacional Autónoma de México, AP 70-275, México 04510
  • Valeria Souza Departamento de Ecología Evolutiva, Instituto de Ecología, Universidad Nacional Autónoma de México, AP 70-275, México 04510
Palabras clave: Clonación, diversidad procarionte, NGS, shotgun, T-RFLPs

Resumen

En este trabajo describimos la comunidad procarionte de una muestra de agua marina del canal de Yucatán. Para la determinación de la diversidad microbiana se usaron tres métodos moleculares: 1) T-RFLPs. 2) Secuenciación de amplicones (bibliotecas de clones). 3) Secuenciación shotgun de un metagenoma. Como un segundo objetivo, se presenta una comparación de los alcances y los límites de cada uno de estos tres métodos. Para esta comparación, se tomaron en cuenta tres criterios: el número de unidades taxonómicas detectadas, la precisión en la asignación taxonómica y el costo del estudio. Los taxa más abundantes fueron Candidatus Portiera OTU 3744 (equivalente al clado SAR86) y Candidatus Pelagibacter. Los resultados mostraron que la estrategia de secuenciación shotgun de ADN es la más poderosa en términos de unidades taxonómicas detectadas, mientras que los datos que se obtuvieron por T-RFLPs y con la biblioteca de clones, representan sólo una submuestra de la biblioteca de fragmentos generados mediante shotgun. En cuanto a resolución filogenética (determinación taxonómica), la aproximación más precisa fue la secuenciación de bibliotecas de clones. Los costos de las tres estrategias varían considerablemente, pero sus alcances también lo hacen. Por lo tanto, es importante tomar en consideración que algunas preguntas ecológicas y evolutivas sólo pueden ser contestadas específicamente por una u otra metodología.

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Publicado
03-01-2017
Cómo citar
Espinosa-Asuar, L., Escalante, A. E., Falcón, L. I., Bonilla-Rosso, G., Ramírez-Barahona, S., Eguiarte, L. E., & Souza, V. (2017). Comparación de tres métodos moleculares para el análisis de procariontes ambientales en el mar del canal de Yucatán, México. HIDROBIOLÓGICA, 24(3), 257-270. Recuperado a partir de https://hidrobiologica.izt.uam.mx/index.php/revHidro/article/view/602
Sección
Artículos