Isolation and characterization of new microsatellite markers for the Pacific geoduck (Panopea generosa ) using next generation sequencing

Celia Isabel Bisbal Pardo, Miguel Angel Del Río Portilla, Ana Yonori Castillo Paez, Axayacatl Rocha Olivares

Resumen


Panopea generosa is a large and long-lived infaunal clam with a considerable commercial value in Canada, United States and Mexico. Here, we tested 30 microsatellite loci generated using next-generation genome sequencing (Illumina Hi-Seq 2500) and identified eight as suitable polymorphic genetic markers. The number of alleles per locus ranged from 5 to 22 and heterozygosity from 0.429 to 0.818 (observed) and from 0.548 to 0.962 (expected). These markers are highly informative and useful for population genetic studies aimed at informing management and conservation measures of this valuable resource.


Palabras clave


Microsatellite, Panopea generosa, Next-generation sequencing, genetic markers

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ISSN 0188-8897


 HIDROBIOLOGICA. Vol.27 Año 2017, Número 3, septiembre-diciembre de 2017, es una publicación cuatrimestral editada por la Universidad Autónoma Metropolitana, a través de la Unidad    Iztapalapa, División de Ciencias Biológicas y de la Salud, Departamento de Hidrobiología. Prolongación Canal de Miramontes 3855, colonia Ex Hacienda San Juan de Dios, delegación Tlalpan,  C.P. 14387, México, Ciudad de México y Av. San Rafael Atlixco, núm. 186, colonia Vicentina, delegación Iztapalapa, C.P. 09340, México, Ciudad de México, teléfono 5804-6475. Página  electrónica de la revista: https://hidrobiologica.izt.uam.mx y dirección electrónica: rehb@xanum.uam.mx. Editora Responsable María Esther Meave del Castillo. Certificado de Reserva de  Derechos al Uso Exclusivo de Título No. 04-2010-072711181500-203, ISSN para versión impresa e ISSN para revista electrónica son otorgados por el Instituto Nacional del Derecho de Autor. Responsable de la última actualización  de este número María Esther Meave del Castillo, Universidad Autónoma Metropolitana Unidad Iztapalapa, Av. San Rafael Atlixco, núm. 186, colonia Vicentina, delegación Iztapalapa, C.P.  09340, México, Ciudad de México. Fecha de última modificación: 28 de diciembre de 2017. Tamaño de archivo: 30 MB.Las opiniones expresadas por los autores no necesariamente reflejan la  postura del editor de la publicación.Queda estrictamente prohibida la reproducción total o parcial de los contenidos e imágenes de la publicación sin previa autorización de la Universidad  Autónoma Metropolitana. 

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