Comparación de tres métodos moleculares para el análisis de procariontes ambientales en el mar del canal de Yucatán, México

Laura Espinosa-Asuar, Ana E. Escalante, Luisa I. Falcón, Germán Bonilla-Rosso, Santiago Ramírez-Barahona, Luis E. Eguiarte, Valeria Souza

Resumen


En este trabajo describimos la comunidad procarionte de una muestra de agua marina del canal de Yucatán. Para la determinación de la diversidad microbiana se usaron tres métodos moleculares: 1) T-RFLPs. 2) Secuenciación de amplicones (bibliotecas de clones). 3) Secuenciación shotgun de un metagenoma. Como un segundo objetivo, se presenta una comparación de los alcances y los límites de cada uno de estos tres métodos. Para esta comparación, se tomaron en cuenta tres criterios: el número de unidades taxonómicas detectadas, la precisión en la asignación taxonómica y el costo del estudio. Los taxa más abundantes fueron Candidatus Portiera OTU 3744 (equivalente al clado SAR86) y Candidatus Pelagibacter. Los resultados mostraron que la estrategia de secuenciación shotgun de ADN es la más poderosa en términos de unidades taxonómicas detectadas, mientras que los datos que se obtuvieron por T-RFLPs y con la biblioteca de clones, representan sólo una submuestra de la biblioteca de fragmentos generados mediante shotgun. En cuanto a resolución filogenética (determinación taxonómica), la aproximación más precisa fue la secuenciación de bibliotecas de clones. Los costos de las tres estrategias varían considerablemente, pero sus alcances también lo hacen. Por lo tanto, es importante tomar en consideración que algunas preguntas ecológicas y evolutivas sólo pueden ser contestadas específicamente por una u otra metodología.

Palabras clave


Clonación; diversidad procarionte; NGS; shotgun; T-RFLPs

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ISSN 0188-8897

 HIDROBIOLOGICA. Vol.26 Año 2016, Número 3, septiembre-diciembre de 2016, es una publicación cuatrimestral editada por la Universidad Autónoma Metropolitana, a través de la Unidad    Iztapalapa, División de Ciencias Biológicas y de la Salud, Departamento de Hidrobiología. Prolongación Canal de Miramontes 3855, colonia Ex Hacienda San Juan de Dios, delegación Tlalpan,  C.P. 14387, México, Ciudad de México y Av. San Rafael Atlixco, núm. 186, colonia Vicentina, delegación Iztapalapa, C.P. 09340, México, Ciudad de México, teléfono 5804-6475. Página  electrónica de la revista: http://hidrobiologica.izt.uam.mx y dirección electrónica: rehb@xanum.uam.mx. Editora Responsable María Esther Meave del Castillo. Certificado de Reserva de  Derechos al Uso Exclusivo de Título No. 04-2010-072711181500-203, ISSN para version impresa e ISSN para revista electronica son otorgados por el Instituto Nacional del Derecho de Autor. Responsable de la última actualización  de este número María Esther Meave del Castillo, Universidad Autónoma Metropolitana Unidad Iztapalapa, Av. San Rafael Atlixco, núm. 186, colonia Vicentina, delegación Iztapalapa, C.P.  09340, México, Ciudad de México. Fecha de última modificación: 2 de marzo de 2017. Tamaño de archivo: 30 MB.Las opiniones expresadas por los autores no necesariamente reflejan la  postura del editor de la publicación.Queda estrictamente prohibida la reproducción total o parcial de los contenidos e imágenes de la publicación sin previa autorización de la Universidad  Autónoma Metropolitana. 

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